В 1556 году император Карл V отрекается от престола и удаляется на покой в монастырь Св. Иеронима в Юсте. Корона Испании переходит к его сыну Филиппу II. Чтобы упрочить хрупкий мир с давним врагом Испании — Францией, Филипп берет в жены невесту своего собственного сына дона Карлоса, французскую принцессу Елизавету Валуа.

Действие I


Сцена 1
Монастырь Сан-Юсте


Монах молится перед гробницей Карла V. Пораженный Карлос узнает голос своего деда-императора.
Появляется друг Карлоса, Родриго, маркиз Поза. Выслушав жалобы инфанта, Поза советует ему посвятить себя не поискам утраченной любви, но благородному делу освобождения Фландрии. Друзья дают клятву жить и умереть вместе.

Сцена 2
Сад у стен монастыря Сан-Юсте


Женщинам рангом ниже королевы не позволено входить в монастырь, поэтому придворные дамы ждут свою госпожу снаружи. Княгиня Эболи развлекает их пением. Выходит Елизавета, вслед за ней появляется Поза. Маркиз привез королеве письмо от ее матери и, вручая его, тайно передает записку от Карлоса. Поза и Эболи светски беседуют, в то время как Елизавета читает записку, в которой Карлос просит ее доверять маркизу. Поза красноречиво уговаривает королеву дать Карлосу аудиенцию; в стороне Эболи говорит о своих надеждах на романтические чувства со стороны Карлоса. Елизавета соглашается на просьбу Позы и отсылает придворных дам.

Стараясь соблюдать этикет, Карлос излагает свое желание уехать во Фландрию; только Елизавета может помочь ему получить разрешение короля. Постепенно эмоции берут верх, и инфант теряет сознание. Очнувшись, он очертя голову признается мачехе в любви. Елизавета сурово и решительно отталкивает Карлоса. В отчаянии Карлос убегает; вслед за этим в сад входит Филипп в сопровождении двора. Он недоволен тем, что королева, вопреки его приказу, находится одна, и изгоняет из Испании фрейлину, допустившую это.

Все придворные удаляются, а Позе Филипп приказывает остаться. Он хочет вознаградить маркиза за службу короне, однако тот не желает ничего для себя, только для других. Получив позволение высказаться, Поза описывает ужасающее состояние, в которое приведена некогда цветущая Фландрия. Филипп отвечает, что такова цена мира и покоя — но Поза называет этот покой могильным. Он молит короля даровать людям свободу. Такая смелость и честность побуждают Филиппа на доверительный разговор: он признается Позе в подозрениях относительно жены и сына. Отныне Поза — советник короля. И все же, предупреждает король, маркизу следует опасаться Великого инквизитора.

Действие II


Сцена 1
Сады королевы


Появляется Карлос. Он перечитывает записку, в которой ему назначено свидание в полночь у фонтана. Карлос думает, что его ждет Елизавета, но вместо нее появляется Эболи. Это она написала записку. Лицо княгини скрыто, и Карлос не может отличить ее от королевы. Когда же обман раскрывается, он выдает себя, и теперь Эболи знает о его чувстве к Елизавете. Появляется Поза. Он пытается угрозами заставить Эболи хранить тайну, но та намерена обратить против инфанта всю ярость отвергнутой женщины. Поза предлагает спрятать у себя компрометирующие Карлоса бумаги. Карлос колеблется, не зная, может ли он доверять маркизу, ставшему фаворитом короля, но дружба берет верх над подозрениями.

Сцена 2
Площадь перед базиликой Богоматери Аточа


Собравшийся на площади народ возносит хвалу королю Филиппу и ожидает начала зрелища — масштабного аутодафе. Монахи ведут еретиков, осужденных инквизицией, к месту сожжения. Выйдя из церкви, Филипп приносит торжественную клятву карать врагов Господа огнем и мечом. Неожиданно несколько человек выходят и преклоняют колени перед королем. Это посланцы из Фландрии, и привел их сюда дон Карлос. Фламандцы молят короля о милосердии к их истерзанному краю, но Филипп непреклонен: они изменили Богу и своему монарху. Вместе с фламандцами к милосердию взывают и народ, и двор, лишь монахи вторят Филиппу.

Наконец Карлос обращается к отцу с дерзкой просьбой назначить его правителем Фландрии. Филипп отказывается доверить сыну такую власть, и Карлос обнажает шпагу. Придворные и стража опасаются с ним сразиться, но инфант складывает оружие, когда об этом его просит Поза. В награду Филипп жалует Позе герцогский титул. Праздник продолжается, и толпа наблюдает за казнью еретиков.

Действие III


Сцена 1
Кабинет короля


Уединившись в кабинете, Филипп с горечью размышляет о своей жизни: он нелюбим и несет бремя тяжких забот. Приходит вызванный им Великий инквизитор. Филипп советуется с ним насчет приговора Карлосу. Инквизитор готов отпустить королю грех сыноубийства ради покоя в стране. Сам же он требует отдать под трибунал инквизиции Позу. Когда Филипп отказывается, инквизитор угрожает ему самому церковным судом.

После ухода инквизитора в кабинет вбегает Елизавета с жалобой: у нее украли ларец с драгоценностями. Этот ларец у Филиппа, и он находит там портрет дона Карлоса. Елизавета напоминает мужу, что инфант был прежде ее женихом, но Филипп открыто обвиняет ее в неверности. Елизавета теряет сознание. На зов Филиппа о помощи являются Поза и Эболи. Филипп сожалеет о своих подозрениях, Эболи раскаивается в том, что украла ларец королевы, а Поза приходит к решению действовать незамедлительно. Пришедшая в себя Елизавета горюет о прежней счастливой жизни во Франции, которая теперь навсегда в прошлом.

Король и Поза уходят. Эболи признается Елизавете в том, что, ревнуя Карлоса, оболгала её перед королем, и что сама стала любовницей Филиппа. Елизавета предоставляет ей до завтра решить, уедет ли она в изгнание или примет постриг, и уходит. Эболи проклинает свою красоту, принесшую ей только горе. Вспомнив о Карлосе, она загорается мыслью успеть спасти его перед тем, как принять наказание.

Сцена 2
Темница дона Карлоса


К заключенному под стражу Карлосу приходит Поза. Поза выдал компрометирующие бумаги Карлоса за свои и теперь должен умереть, поэтому прощается с другом и завещает ему спасти Фландрию. Раздается выстрел. Смертельно раненный Поза успевает передать Карлосу, что Елизавета будет ждать его в монастыре Сан-Юсте, и умирает с надеждой, что Карлос принесет Испании счастливое будущее. Входит Филипп, чтобы вернуть Карлосу оружие и свободу. Под звон набата тюрьму берет приступом толпа, которая требует инфанта. Появление Великого инквизитора усмиряет бунт, и народ опускается на колени перед королем.

Действие IV


Монастырь Сан-Юсте

Елизавета в одиночестве молится у гробницы императора Карла V; земных утешений для нее не осталось. Пришедший Карлос объявляет ей, что отныне посвятит свою жизнь спасению Фландрии. Елизавета и Карлос прощаются, надеясь встретиться в ином, лучшем мире. Их прощание прерывают Филипп со стражей и Великий инквизитор. Филипп предает сына в руки инквизиции. В этот момент гробница открывается, и из нее выходит монах. Он укрывает Карлоса плащом и уводит за собой. Все участники сцены узнают в монахе Карла V.